La nascita dell'ospedale risale al 1743 e attraverso i secoli ha subito importanti trasformazioni architettoniche e logistiche. Nel 2003 vengono avviati i lavori di costruzione del nuovo complesso ospedaliero "San Giuseppe" a fianco e ad integrazione del nosocomio costruito negli anni ’60.

La nuova struttura ha l’obiettivo di accentrare l’offerta assistenziale migliorando la qualità del servizio. Nel 2008 viene inaugurato il nuovo ospedale "San Giuseppe" in via Boccaccio a Empoli che ha richiesto un investimento complessivo di oltre 125 milioni di euro. Iniziano le fasi di trasferimento dei vari reparti nella nuova struttura che si concludono nel settembre 2008.