Le complicanze possibili e più comuni nei pazienti sottoposti a resezione pancreatica (di qualsiasi tipo) sono la fistola pancreatica, la fistola biliare (negli interventi di duodenocefalopancreasectomia), il sanguinamento, la formazione di raccolte peripancreatiche, il ritardato svuotamento gastrico (causa di ritardo nella rialimentazione con senso di distensione addominale, nausea e vomito) e l’insufficienza pancreatica endocrina (diabete) ed esocrina (difficoltà digestiva necessitante assunzione di integratori a base di enzimi pancreatici). Le due ultime complicanze sono conseguenza logica e prevista nei pazienti sottoposti a pancreatectomia totale mentre nei pazienti sottoposti a resezione pancreatica è la funzionalità del pancreas residuo a determinare la necessità di supporto farmacologico per gli eventuali deficit di secrezione insulinica.

Alcune di queste complicanze sono più comuni (fistola pancreatica) e spesso vengono trattate con modalità conservativa non causando veri e propri disturbi al paziente. Nei casi più gravi invece può essere necessario attuare strategie mediche (ad es. trasfusioni), procedure radiologiche interventistiche (drenaggio di raccolte addominali o embolizzazione di vasi sanguinanti), procedure endoscopiche (posizionamento di stent), supporto in unità di terapia intensiva o persino il reintervento chirurgico. 

I pazienti sottoposti a splenectomia (asportazione della milza) dovranno successivamente essere sottoposti a vaccinazioni specifiche per alcune infezioni batteriche.